Teniendo en cuenta que la Ley 1765 del 2015 comprende, además de la implementación del sistema penal acusatorio en la justicia militar, una amplia reforma administrativa que conlleva la complementación, revisión y aprobación de los estudios técnicos requeridos para la nueva estructura administrativa y judicial, así como arbitrar los recursos dentro del presupuesto del sector Defensa destinados a financiarla, el Gobierno decidió ampliar el cronograma de ejecución del sistema en esta jurisdicción especializada (Decreto 1070 del 2015, único reglamentario del sector). Entonces, las cuatro fases territoriales de implementación iniciarán en el año 2017, así: año 2017, Bogotá; 2018, Boyacá, Caldas, Cauca, Cundinamarca, Huila, Nariño, Quindío, Risaralda, Tolima y Valle del Cauca; 2019, Antioquia, Atlántico, Bolívar, San Andrés, Cesar, Chocó, Córdoba, Guajira, Magdalena, Norte de Santander, Santander y Sucre y 2020, Amazonas, Arauca, Caquetá, Casanare, Guainía, Guaviare, Meta, Putumayo, Vaupés y Vichada.