En la Ley 906 del 2004, la defensa debe tener un papel más activo y diligente, pues debe desvirtuar la teoría del caso sostenida por la Fiscalía o, por lo menos, plantear una duda razonable al respecto, para de allí justificar la aplicación del principio in dubio pro reo. La Corte Suprema de Justicia precisó que de todas las opciones que puede tomar la defensa, solo cuando la teoría de la parte fiscal sobrevive al enfoque crítico y la del defensor es derrotada sería viable hablar de conocimiento o convencimiento para condenar. En otras palabras, la defensa debe demostrar un error en la teoría de la acusación, del cual pueda derivarse una duda al menos razonable, mientras que la obligación procesal de la Fiscalía debe sustentar la imputación y refutar las propuestas de solución esgrimidas por la contraparte. De esta forma, la Corte respaldó la absolución de quien fue acusado de acceso carnal abusivo con menor de 14 años, porque el implicado no tenía un virus que había adquirido la menor antes de los hechos. El magistrado Augusto Ibáñez salvó su voto, pues, en su opinión, se le dio un alcance indebido al principio in dubio pro reo (C.P. Julio Enrique Socha Salamanca).