Al resolver un recurso de casación, la Sala de Descongestión Laboral de la Corte Suprema de Justicia explicó que los decretos 290 y 1374 de 1979 adoptaron los estatutos de la Fundación San Juan de Dios, señalando a la institución como de utilidad común sometida a las normas del Código Civil. Igualmente, indicó que estas disposiciones se ratificaron con el Decreto 371 de 1998, pero posteriormente fueron declaradas nulas mediante una providencia del Consejo de Estado del año 2005 y perdieron fuerza ejecutoria. En tal sentido, la fundación volvió a pertenecer a la Beneficencia de Cundinamarca. La Sala de Descongestión Laboral precisó que los efectos de la declaración de nulidad obligan a restablecer las cosas al estado en que se encontraban cuando se realizó el acto nulo y por ello concluyó que la vinculación de quienes prestaron sus servicios al San Juan de Dios con posterioridad a la ejecutoria de la sentencia del Consejo de Estado se rige por la regulación especial aplicable a las relaciones laborales entre el Estado y sus servidores y, por ende, estas personas se reputan como dependientes de la Beneficencia de Cundinamarca (M. P. Giovanni Francisco Rodríguez Jiménez).