El Consejo de Estado explicó que las indemnizaciones señaladas en el fallo de la Corte Constitucional SU-484 del 2008, que ordenó el pago de salarios a exempleados de la Fundación San Juan de Dios, no se refieren a las generadas por enfermedades profesionales y no profesionales ni por accidentes de trabajo, sino a aquellas que corresponden a reparaciones de daños sufridos por el trabajador por el incumplimiento de las obligaciones legales y convencionales del empleador. En reciente concepto dado al Ministerio de Hacienda, la Sala de Consulta y Servicio Civil señaló que la liquidadora es quien tiene el deber de gestionar dichas indemnizaciones causadas a favor de los beneficiarios ante las entidades obligadas por la sentencia. Además, el alto tribunal dijo que la Nación puede deducir o compensar los porcentajes que correspondan contra las transferencias, regalías o participaciones realizadas al Distrito Capital, la Beneficencia y la Gobernación de Cundinamarca, y acudir a los mecanismos establecidos en la ley para el cruce de cuentas y el saneamiento de obligaciones entre entidades públicas (C. P. William Zambrano Cetina).