La Contraloría General de la República emitió una alerta por las graves irregularidades administrativas y financieras detectadas en la Nueva EPS, tras un operativo de policía judicial realizado en julio del 2025. En la diligencia se recopilaron 4.524 archivos correspondientes a los años 2022, 2023, 2024 y primer semestre del 2025, con información técnica, jurídica, administrativa y financiera que no estaba disponible en los sistemas de la Superintendencia Nacional de Salud. El objetivo fue obtener datos que permitan verificar el manejo de los recursos públicos destinados a la salud.

El análisis preliminar evidenció un aumento desmesurado en los anticipos pendientes por legalizar, que pasaron de $ 3,4 billones en 2023 a $ 8,6 billones en 2024 y alcanzaron $ 15,27 billones a junio del 2025, lo que afecta la liquidez de la entidad y eleva el riesgo de detrimento patrimonial. Además, se encontró un saldo de $ 5,7 billones en anticipos sin legalizar de la vigencia 2024 y cuentas por pagar por $ 21,37 billones a marzo del 2025, cifras que comprometen la sostenibilidad financiera de la EPS.  (Lea: Ordenan a EPS examinar a paciente y, si es el caso, iniciar fertilización ‘in vitro’)

En materia de facturación, se identificaron $ 22,7 millones de registros por un valor de $ 22,1 billones, de los cuales $ 9,1 millones estaban repetidos. Tras depurar la información, permanecen pendientes de procesar facturas por $ 13,2 billones, el 97 % de ellas sin revisión. Asimismo, se detectó que el 40 % del valor de las facturas se concentra en 36 prestadores de una red de más de 2.700, lo que incrementa el riesgo fiscal. La Contraloría también advirtió deficiencias en la contratación y falta de soportes documentales que respalden los acuerdos con los prestadores de servicios de salud.

La entidad de control señaló, además, una subestimación de $ 11,1 billones en la constitución de reservas técnicas y deficiencias en los sistemas de información para la gestión de los recursos. La alerta será enviada a la Contraloría Delegada para el Sector Salud, que determinará las acciones de control fiscal, así como a las autoridades competentes para establecer eventuales responsabilidades disciplinarias o penales. 

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