Regular las medidas compensatorias en materia ambiental no desconoce el derecho al debido proceso, en especial lo referente a los principios de non bis in idem, legalidad de la sanción y reserva de ley y separación del poder. Así lo señaló la Procuraduría General de la Nación al pedirle a la Corte Constitucional que declare exequible el artículo 31 y los parágrafos 1 y 2 del artículo 40 de la Ley 1333 del 2009. Según el Ministerio Público, responder por los daños y reparar lo dañado no es una sanción ni un castigo, por lo que es razonable y válido que la ley precise que dicha imposición no exime al infractor de reparar el daño causado ni de la eventual responsabilidad civil, penal y disciplinaria a que hubiere lugar, por lo que no vulnera el principio de non bis in idem.