El Consejo de Estado declaró la nulidad del Decreto 4040 del 2004, que creó la bonificación de gestión judicial para magistrados de tribunales y otros funcionarios judiciales. El alto tribunal recordó que todos los magistrados de tribunales y magistrados auxiliares de altas cortes, entre otros, en virtud del Decreto 610 de 1998 adquirieron, a partir del 2001, el derecho laboral irrenunciable a tener una remuneración mensual equivalente al 80 % de lo devengado por un magistrado de alta corte, a través de la bonificación por compensación. Debido a las demandas que solicitaban este reconocimiento, el Gobierno, buscando frenar las condenas, expidió el Decreto 4040, que creó la bonificación de gestión judicial, que sumada a la asignación básica y demás ingresos laborales constituiría el 70 % que por todo concepto devengaran los magistrados de las altas cortes. Adicionalmente, el decreto supeditó este pago a que los funcionarios desistieran de las solicitudes de reconocimiento de la bonificación por compensación. Por ello, advirtió que se creó una desigualdad manifiesta entre iguales y se desconoció la prohibición constitucional de renunciar a los derechos adquiridos o transar sobre los ciertos e indiscutibles (C.P. Carlos Arturo Orjuela Góngora).