La Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia recordó que la teoría aplicable en materia transicional en el conflicto armado interno es la de la autoría mediata en aparatos organizados de poder. En su opinión, el reproche social de la organización ilegal permite garantizar la prevención general como función de la pena, el derecho a la no repetición y el desmantelamiento del grupo, al poder conocer quiénes conforman la cúpula, los mandos medios y a los miembros rasos de la organización ilegal. Por otra parte, advirtió que el delito de terrorismo no se puede confundir con el de homicidio con fines terroristas, pues este último se configura cuando se vulnera la vida y otros bienes jurídicos como la seguridad y tranquilidad pública. Finalmente, reiteró que el lanzamiento de granadas de fragmentación o la utilización de otra arma de guerra de uso privativo de la fuerza pública no tipifica el punible de empleo de sustancias u objetos peligrosos, porque su consumación se causa con el uso de residuos peligrosos, radiactivos o nucleares (M. P. Luis Guillermo Salazar).