La implementación del sistema penal acusatorio en la Justicia Penal Militar se realizará de manera gradual y sucesiva, en cuatro fases, la primera de ellas comenzará el 1° de enero del 2014, en Bogotá, con 63 despachos, estableció el Gobierno Nacional. La segunda fase se desarrollará en el 2015, en los departamentos de Boyacá, Caldas, Cauca, Cundinamarca, Huila, Nariño, Quindío, Risaralda, Tolima y Valle del Cauca; y la tercera, en el 2016, en Antioquia, Atlántico, Bolívar, San Andrés, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Norte de Santander, Santander y Sucre, y la cuarta, en el 2017, en Amazonas, Arauca, Caquetá, Casanare, Guainía, Guaviare, Meta, Putumayo, Vaupés y Vichada.