Cuando un trabajador sufre una incapacidad, ya sea por enfermedad o accidente, debe informar de inmediato al empleador y presentar la constancia médica emitida por la EPS. Durante el tiempo que dure la incapacidad, el empleador es responsable de pagar el salario correspondiente y luego gestionar el rembolso con la entidad respectiva: EPS si se trata de una enfermedad común o ARL si es de origen laboral. En cualquier caso, el contrato de trabajo sigue vigente y el salario no puede ser inferior al mínimo legal mensual.

En las incapacidades de origen común, los dos primeros días deben ser pagados directamente por la empresa. A partir del tercer día, la EPS asume el pago con un 66,66 % del salario hasta los 90 días, luego con un 50 % hasta los 180 días. Superado este periodo, el pago corresponde al fondo de pensiones, el cual evaluará si el trabajador debe acceder a una pensión por invalidez o puede ser rehabilitado. En los casos de origen profesional, la ARL paga desde el primer día el 100 % del salario hasta por 180 días prorrogables. (Lea: Pago de incapacidad se debe garantizar al trabajador con concepto favorable o desfavorable de rehabilitación)

El pago por incapacidad se calcula sobre el ingreso base de liquidación, es decir, el salario sobre el cual se hacen los aportes a la seguridad social. Por lo tanto, conceptos no salariales como primas, bonificaciones o auxilios no se incluyen en este cálculo, lo que puede reducir el monto final recibido por el trabajador. Además, durante el tiempo de incapacidad, el empleador debe continuar realizando los aportes a la seguridad social sobre el valor de la incapacidad.

Cuando el periodo de incapacidad excede los 180 días por enfermedad o accidente común y no hay recuperación, el empleador puede terminar el contrato, siempre con autorización previa del Ministerio del Trabajo para evitar discriminación. Si el trabajador se recupera, debe ser reincorporado en su cargo o uno similar. Ante conflictos sobre el pago de incapacidades o despidos, el trabajador puede acudir a la inspección de trabajo o al juez laboral, sin necesidad de abogado ni costo alguno.

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