El Consejo de Estado ordenó la suspensión provisional del acto administrativo suscrito entre el Ministerio de Defensa y la Fiscalía General de la Nación que permitía a los funcionarios del CTI, cuando investigaran homicidios cometidos por miembros de la fuerza pública en servicio activo y en relación con el mismo, remitir sus informes preliminares a las unidades de reacción inmediata de la Fiscalía para que uno de los fiscales decidiera si el proceso se enviaba o no a la Justicia Penal Militar. Según la Sección Primera, el acto administrativo denominado “Apoyo a la Justicia Penal Militar” desconoce abiertamente el principio del juez natural, pues este tipo de conductas deben ser asumidas directamente por dicha jurisdicción especial (C. P. María Claudia Rojas Lasso).