El Consejo de Estado indicó que se vulnera el principio de legalidad cuando se despoja a los particulares de los mecanismos judiciales necesarios para que manifiesten su inconformidad con las actuaciones de la autoridad administrativa. Por esa razón, declaró nula una disposición contenida en el Acuerdo 41 del 2006, expedido por el Instituto Colombiano de Desarrollo Rural (Incoder), en la que se exigía a los ocupantes de terrenos baldíos ubicados en el archipiélago de Nuestra Señora del Rosario y de San Bernardo la renuncia a futuras reclamaciones contra el Estado. De igual forma, declaró la nulidad condicionada de una expresión del mismo acuerdo en la que se consagra que las mejoras realizadas por los ocupantes se reputarán de propiedad de la Nación, por estar en un terreno que constituye reserva territorial o patrimonial del Estado. Según el alto tribunal, el Incoder desconoció el derecho del ocupante de buena fe al pago de las mejoras que haya realizado en el predio. Sin embargo, precisó que se podía desconocer ese derecho para supuestos futuros, porque en esos casos solo se puede tener la calidad de arrendatario (C.P. Enrique Gil Botero).