El ente de control fiscal advirtió tanto al Ministerio del Interior como a los gobernadores y alcaldes sobre los riesgos a la administración y ejecución eficiente y transparente de los recursos públicos destinados a los resguardos indígenas. La auditoría que adelanta la Contraloría sobre los recursos destinados a los resguardos ha encontrado que no todas las alcaldías han celebrado contratos de administración para su ejecución. Además, no ha logrado identificar plenamente a los beneficiarios, ni comprobar fehacientemente la entrega de bienes y servicios a los destinatarios finales.