La Superintendencia de Salud adoptó el Sistema Integrado de Gestión (SIG), entendido como el conjunto de orientaciones, procesos, políticas, metodologías, instancias e instrumentos orientados a garantizar un desempeño institucional articulado y armónico, que se encuentra conformado por seis subsistemas (gestión de calidad, control interno, seguridad en la información, seguridad y salud ocupacional, gestión ambiental y responsabilidad social). Así mismo, la entidad definió las labores de sus funcionarios y servidores públicos dentro del sistema.