El Consejo de Estado advirtió que no es válido realizar tal afirmación, pues el principio de autonomía universitaria encuentra su límite tanto en el orden constitucional, como en el legal, como lo ha sostenido repetidamente la Corte Constitucional. En el caso concreto, la sentencia determinó que los órganos directivos pueden establecer un régimen de inhabilidades para la designación de los representantes y miembros de los consejo superiores universitarios, siempre que tal regulación guarde consonancia con lo previsto en la Constitución y en la ley. El límite a la autonomía universitaria, añadió, lo establece el contenido constitucional, que garantiza su protección pero sin desmedro de los derechos igualmente protegidos por la carta (Guillermo Vargas Ayala).