La Contraloría de Bogotá, en su labor de auditoría a la gestión de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas, detectó inconsistencias en la ejecución de recursos durante el 2013 por más de $ 6.265 millones. El contralor Diego Ardila mencionó varias situaciones: 106 casos por doble pago pensional; falta de seguimiento al contrato de construcción de la sede El Porvenir de Bosa, irregularidades en la prórroga de la licencia de construcción y dilaciones injustificadas por más de nueve años en la construcción; deficiencias en el recaudo de estampillas; adición irregular al contrato de restauración de la Biblioteca Aduanilla de Paiba y falencias de planeación del contrato de construcción del edificio B de la sede Macarena, entre otras. Así las cosas, la Contraloría trasladó dos hallazgos con presunta incidencia penal a la Fiscalía General de la Nación, 31 con presunta incidencia disciplinaria a la Personería de Bogotá y los de presunta incidencia fiscal, a la Dirección de Responsabilidad Fiscal de la misma entidad.