El Ministerio de Salud hizo un llamado a los alcaldes y gobernadores para que ejecuten los recursos autorizados de las cuentas maestras con celeridad, transparencia y los controles respectivos. Con el propósito de agilizar la ejecución de la ley, el ministerio señala que ha expedido la reglamentación necesaria. Además, para su implementación adelanta un trabajo directo con cada una de las entidades territoriales del país, en un proceso de asistencia técnica permanente, gracias al cual se han viabilizado $ 1,36 billones y de los cuales se han invertido $ 109 mil millones. Así mismo, la cartera de Salud dijo que comparte la preocupación de la Contraloría General de la República por los hallazgos en los procesos de auditoría en algunos municipios, entre los cuales se encuentran pagos con cheques (no permitidos para este tipo de cuentas), baja confiabilidad de los estados financieros, no pago de las deudas en el régimen subsidiado, entre otros, que se constituyen en actuaciones irregulares y desvirtúan los objetivos que perseguía la Ley 1608 del 2013.