De conformidad con el direccionamiento estratégico impartido por la alta dirección de la entidad, se acaban de crear dos programas nacionales de ciencia, tecnología e innovación: uno de ellos está relacionado con la innovación en seguridad y defensa y el otro con innovación en energía y minería. La coordinación estará a cargo de la Dirección de Fomento a la Investigación y se regirán por lo dispuesto en las resoluciones 351 del 2014 y 068 del 2015, de manera general en cuanto a funcionamiento y operatividad.