Además de esta prohibición transitoria, el Tribunal Superior de Medellín impartió órdenes al Gobierno y al Inpec, entre otras autoridades, para que solucionen los problemas de hacinamiento, a través de mecanismos como el otorgamiento de beneficios de excarcelación y la separación entre procesados y condenados. Adicionalmente, se definen medidas en materia de salud, vida en condiciones dignas, alimentación, trabajo y medio ambiente sano. En un plazo máximo de seis meses, los accionados deben diseñar un plan encaminado a corregir las fallas infraestructurales del penal, incluyendo mejoramiento de sistemas de drenaje y solución a problemas de salubridad, con plazos razonables de ejecución no superiores a dos años. El fallo advierte que en seis meses debe estar listo un plan de mejoramiento de los residuos hospitalarios, para disminuir la exposición al riesgo de los pacientes y garantizar una efectiva atención en salud a los reclusos. El Tribunal solicitó el acompañamiento de la Procuraduría en estos procesos y pidió a las autoridades de salud investigar las irregularidades que llevaron a impartir estas directrices. También solicitó al Fiscal General que nombre una unidad especial de investigadores por la muerte de tres reclusos, por presunto descuido de sus médicos.