La Procuraduría lo halló disciplinariamente responsable por haber sido determinante en la cesión del contrato 137 de la Fase III de Transmilenio, que el Grupo Nule le hizo a la empresa Vías de Bogotá (Conalvías). A su juicio, fue el exburgomaestre el que direccionó esta actuación para favorecer al grupo cesionario, pese a que entonces no estaba habilitado financiera ni jurídicamente para adelantar las obras sobre la calle 26. Según la decisión, Conalvías obtuvo réditos irregulares por $ 190.000 millones, gracias a las modificaciones en costos y otros elementos del contrato original que tuvieron lugar a través de otrosíes firmados por el Instituto de Desarrollo Urbano (IDU), bajo la dirección de Liliana Pardo. En criterio del organismo de control, fue la actuación de dicha funcionaria, determinada por Samuel Moreno, la que permitió que la empresa no devolviera los $ 28.000 millones a los que estaba obligada, derivados del anticipo que recibió. En criterio del Ministerio Público, el exburgomestre tuvo un interés ilegal en estas actuaciones que, dice, favorecieron a la firma cesionaria con más de $ 218.000 millones. Tras la destitución de Moreno Rojas, quien ya había sido suspendido por 12 meses, la Procuraduría le pidió la Fiscalía que investigue las probables conductas ilegales en las que habría incurrido el representante de la firma, Andrés Jaramillo.