Dentro de las funciones de la Comisión de búsqueda de personas desaparecidas está articular y propiciar estrategias ante el Sistema Nacional de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario (DIH), creado mediante el Decreto 4100 del 2011, específicamente con el subsistema de Derechos Civiles y Políticos; también, cumplir con todas las acciones estructurales de política pública relacionadas con la prevención, atención y protección para garantizar el ejercicio pleno de los derechos de las víctimas de esta conducta, estableciendo una relación de interlocución dialógica entre la comisión y el mencionado sistema. La comisión fue creada por la Ley 589 del 2000 (reforma al Código Penal), con el fin de apoyar y promover la investigación del delito de desaparición forzada. Con la nueva norma, que también regula aspectos como sus integrantes, reuniones y toma de decisiones, se deroga el Decreto 929 del 2007.