El magistrado Javier Zapata también se apartó de la decisión de la Corte Suprema que inaplicó la prohibición de descuentos por delitos como la extorsión, el secuestro y el terrorismo. En su salvamento de voto expresó que no comparte la interpretación de la Sala, pues, a su juicio, con la Ley 1121 del 2006 estaban claras las penas para estos delitos y en esa norma ya estaban incluidos los aumentos previstos en la Ley 890 del 2004. También concluyó que dichos incrementos se fundamentaron en los márgenes de maniobra para la Fiscalía y la ejecución de las nuevas normas de justicia premial. En este sentido, expresó que la concesión de rebajas de pena por allanamientos a cargos y preacuerdos esta derogado por la Ley 906 del 2004, es decir, excluyendo de beneficios y subrogados a todas esas conductas punibles (M. P. Leonidas Bustos).