La autonomía de la jurisdicción especial indígena le permite ejercer su justicia especial cuando lo estime necesario, pues la cosmovisión diferente de cada pueblo indígena incluye que la comunidad valore cuál es el ámbito de aplicación de la misma. Así lo señaló la Corte Constitucional al amparar el derecho al debido proceso de un miembro de una comunidad indígena que fue juzgado y condenado en ausencia por la justicia ordinaria, pese a que la autoridad indígena informó su competencia jurisdiccional y su disposición a llevar dicho proceso. La Sala declaró la nulidad de todo lo actuado dentro del proceso penal, dado que el competente para conocer de dicho asunto es la autoridad indígena respectiva (M. P. Nilson Pinilla).