A través del Decreto 4977, el Gobierno determinó que las cuatro fases territoriales para implementar el sistema penal acusatorio en la justicia penal militar comenzarán el 1º de enero del 2013. En Bogotá arrancarán 63 despachos; la segunda fase se desarrollará en el 2014, en los departamentos de Boyacá, Caldas, Cauca, Cundinamarca, Huila, Nariño, Quindío, Risaralda, Tolima y Valle del Cauca; la tercera, en el 2015, en Antioquia, Atlántico, Bolívar, San Andrés, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Norte de Santander, Santander y Sucre, y la cuarta, en el 2016, en Amazonas, Arauca, Caquetá, Casanare, Guainía, Guaviare, Meta, Putumayo, Vaupés y Vichada. La cuarta y última inicia en el 2016, en Amazonas, Arauca, Caquetá, Casanare, Guainía, Guaviare, Meta, Putumayo, Vaupés y Vichada.