La última palabra en las definiciones de competencia entre jurisdicciones no la tiene la Sala Disciplinaria del Consejo Superior de la Judicatura, quien la asume es la Corte Suprema de Justicia. Esta es la conclusión tomada por la Sala Penal de la propia Corte Suprema. Por mandato constitucional y legal, cuando hay conflictos de competencia entre jurisdicciones, entre la ordinaria y la indígena, por ejemplo, es el Consejo Superior la corporación encargada de definir cuál es la competente. Pero la Corte determinó que puede desconocer las decisiones del Consejo y anular los procesos penales ya definidos por la Sala Disciplinaria, si encuentra mejores argumentos para definir la competencia. En este caso, la Corte anuló un proceso penal de la justicia ordinaria que condenó a unos miembros de una comunidad étnica por cultivos ilícitos, y ordenó que el caso lo juzgara el propio resguardo indígena. Esta decisión la tomó a pesar de que el Consejo Superior ya había decidido que la competente era la justicia penal ordinaria y no la justicia indígena (M. P. Javier Zapata).