IVA en transporte especial: claves del Consejo de Estado que limitan la fiscalización de la Dian

Daniel Eduardo Gutiérrez López
Abogado, jefe de la Unidad de derecho tributario de Legis

La sentencia del Consejo de Estado, Sección Cuarta, Rad. 30520 de marzo 19 de 2026 C.P. Luis Antonio Rodríguez Montaño, de manera clara plasma un gran aporte en materia de IVA aplicable al transporte terrestre especial, particularmente en la delimitación entre servicios gravados y excluidos, la valoración probatoria de los ingresos para terceros y el alcance de las facultades de fiscalización de la DIAN.

El caso se origina en la modificación de la declaración de IVA del segundo bimestre de 2016, donde la Administración reclasificó ingresos como gravados y adicionó otros que el contribuyente había registrado como recibidos para terceros. La controversia permitió al Consejo de Estado precisar criterios jurídicos que impactan directamente la operación del sector,  así como una  línea argumentativa para la defensa ante la administración tributaria.

1. Reclasificación del servicio de transporte y alcance de la exclusión en IVA

Desde la perspectiva normativa, el artículo 476 del Estatuto Tributario establece la exclusión del IVA para el servicio público de transporte terrestre de pasajeros, mientras que la regulación sectorial —Ley 336 de 1996 y Decreto 1079 de 2015— define las condiciones de habilitación y operación. Sobre esta base, el debate central giró en torno a si los servicios prestados por la empresa de transporte conservaban su naturaleza de servicio público o debían considerarse privados y, por ende, gravados.

La DIAN sostuvo que la operación no cumplía con las características de servicio público, argumentando la inexistencia de rutas fijas, la prestación bajo demanda y la concentración en clientes específicos. Sin embargo, el Consejo de Estado desestimó esta interpretación y precisó que la naturaleza del servicio no se desvirtúa por la forma en que se presta. En efecto, el hecho de que el transporte se ejecute conforme a las necesidades del cliente o sin rutas predeterminadas no elimina su carácter público, dado que la normativa sectorial no impone tales restricciones.

Un elemento determinante en el análisis fue la habilitación otorgada por el Ministerio de Transporte. Al respecto, la Sección reiteró que esta habilitación constituye el criterio constitutivo para definir la naturaleza del servicio, por lo que no puede ser desconocida por la DIAN en el proceso de fiscalización. Asimismo, se estableció que el uso de vehículos de terceros no altera dicha naturaleza, en la medida en que la regulación permite la subcontratación como mecanismo operativo dentro del servicio público.

En relación con los ingresos recibidos para terceros, el fallo introduce un criterio relevante para este tipo de operaciones en el sector,  consistente en que la ausencia de contratos escritos con los propietarios de los vehículos no es indicio suficiente para desconocer la realidad económica reflejada en la contabilidad. El Consejo de Estado concluyó que el artículo 102-2 del Estatuto Tributario no establece una tarifa probatoria específica, por lo que la Administración no puede imponer exigencias formales no previstas en la ley para desvirtuar la distribución de ingresos. En consecuencia, se reconoció que dichos ingresos no debían ser adicionados ni gravados, reafirmando la prevalencia de la sustancia sobre la forma.

¿Quieres profundizar en la correcta clasificación de operaciones gravadas, excluidas y no gravadas en IVA?

Adquiere nuestro Manual de IVA y Facturación 2026, donde encontrarás un análisis sistemático, criterios actualizados de la DIAN y desarrollo jurisprudencial del Consejo de Estado, junto con casos prácticos que te permitirán estructurar adecuadamente la base gravable y mitigar riesgos.

2. Facultades de fiscalización de la DIAN y carga de la prueba en materia tributaria

En cuanto a la competencia de la Administración, el análisis se fundamenta en el artículo 684 del Estatuto Tributario, que le otorga amplias facultades de fiscalización e investigación. El contribuyente alegó una extralimitación de funciones, bajo el entendido de que la DIAN estaba calificando la naturaleza del servicio de transporte, competencia que corresponde al Ministerio de Transporte. No obstante, el Consejo de Estado aclaró que la DIAN no invadió dicha órbita, pues su actuación se limitó a verificar la naturaleza de las operaciones con fines tributarios, lo cual es plenamente legítimo dentro de su función fiscalizadora.

El fallo también desarrolla de manera precisa la distribución de la carga de la prueba. Si bien corresponde a la Administración demostrar las adiciones de ingresos, en virtud del sistema de liquidación privada, el contribuyente debe acreditar los supuestos que dan lugar a aminoraciones o beneficios fiscales, como exclusiones o tratamientos no gravados. Este criterio se articula con el artículo 167 del Código General del Proceso y con la presunción de veracidad del artículo 746 del Estatuto Tributario, la cual puede ser desvirtuada mediante actividad probatoria.

La aplicación de este principio tuvo consecuencias directas en el caso. Aunque la sociedad logró desvirtuar la adición de ingresos relacionados con transporte y con terceros, no ocurrió lo mismo respecto de ciertos conceptos como reintegros de costos, viáticos y suministro de personal. En estos casos, el Consejo de Estado evidenció que la empresa no presentó argumentos ni pruebas específicas que permitieran controvertir la calificación de la DIAN. Como resultado, estos ingresos fueron mantenidos como gravados, demostrando que una defensa general basada en la naturaleza excluida del servicio resulta insuficiente cuando no se acompaña de un análisis detallado por cada rubro.

3. Principio de favorabilidad en la sanción por no enviar información

En materia sancionatoria, el caso reiteró un ejemplo claro de la aplicación del principio de favorabilidad consagrado en el artículo 29 de la Constitución Política. Inicialmente, la DIAN impuso una sanción por no enviar información equivalente al 5% de los ingresos, conforme a la normativa vigente al momento de los hechos, lo que representaba una suma superior a 42 millones de pesos.

Sin embargo, con la expedición de la Ley 2277 de 2022, la tarifa de esta sanción fue reducida al 1%. El Consejo de Estado aplicó retroactivamente esta disposición más favorable, al considerar que las normas sancionatorias tributarias se rigen por el principio de favorabilidad, incluso cuando la ley posterior es más benigna que la vigente al momento de la infracción.

El resultado fue una reducción sustancial de la sanción. Este precedente refuerza la necesidad de revisar permanentemente los cambios normativos en materia sancionatoria, especialmente en procesos en curso o litigios, donde la aplicación de una norma más favorable puede tener un impacto económico sustancial.

La trazabilidad documental fue determinante en el caso analizado. ¿Tu información exógena soporta adecuadamente tu contabilidad?

Accede a nuestra Guía de Medios Magnéticos- presentación de la información exógena 2026, una herramienta práctica para asegurar la consistencia entre registros contables, reportes a la DIAN y soportes documentales, reduciendo contingencias por cruces de información y fortaleciendo tu defensa en procesos de fiscalización.

Conclusión

A modo de conclusión, en consonancia con lo expuesto al inicio,  la sentencia configura un precedente que equilibra tres elementos esenciales para este tipo de casos: i) la prevalencia de la realidad económica, ii) el deber probatorio del contribuyente y iii) las facultades de fiscalización de la Administración. Por un lado, limita el uso de formalismos excesivos por parte de la DIAN, al impedir que la ausencia de documentos no exigidos por la ley desvirtúe operaciones válidamente soportadas en la contabilidad. Por otro, reafirma que los beneficios fiscales no operan de manera automática, sino que deben ser plenamente demostrados.

Desde una perspectiva práctica, el fallo se enfoca en recordar que la trazabilidad de los documentos que soportan la operación económica es determinante, no solo para la defensa, sino para toda la estructura. Los documentos deben contar con fecha cierta, registros contables y correspondencia con la realidad económica de las operaciones. La ausencia de estos elementos no solo debilita la posición del contribuyente, sino que permite a la Administración mantener glosas que pueden incrementar significativamente la carga fiscal.

En síntesis, la realidad económica prevalece, pero únicamente cuando está debidamente probada. Este criterio redefine la manera en que los contribuyentes deben estructurar su cumplimiento tributario y su estrategia de defensa frente a procesos de fiscalización.

👉 Adquiere el Manual de IVA y facturación 2026 y manténgase actualizado en las principales obligaciones tributarias.

Siga nuestro canal de WhatsApp

Gracias por leernos. Si le gusta estar informado, suscríbase y acceda a todas nuestras noticias, los datos identificadores y los documentos sin límites.