Tras realizar una auditoría al proceso de implementación del Registro Único Nacional de Transporte (RUNT), la Contraloría General de la República (CGR) calificó como deficiente la gestión del Ministerio de Transporte, lo que ha ocasionado traumatismos y deficiencias en los niveles de servicio. El ente de control detectó 25 hallazgos administrativos, algunos de los cuales tendrían connotación disciplinaria y de responsabilidad fiscal. Entre otras irregularidades, la CGR aseguró que no se realizaron las pruebas necesarias con los entes involucrados (organismos de tránsito, concesionarios de vehículos, la DIAN y la Registraduría Nacional del Estado Civil) y denunció demora de más de tres años en la reglamentación de las pautas a las cuales deben sujetarse los organismos de tránsito para su funcionamiento y el régimen sancionatorio.