Ante las reformas de los últimos años al régimen de transferencias territoriales y al sistema de salud, la Contraloría General de la República (CGR) estableció recientemente nuevos parámetros para la rendición de cuentas sobre la administración y el manejo de fondos, bienes o recursos provenientes del sistema general de participaciones y demás transferencias intergubernamentales de origen nacional por parte de las gobernaciones, distritos, municipios y entes territoriales indígenas.