Aunque en la Ley 940 del 2005 se estableció que el mérito sería el factor determinante para incorporarse al ejercicio de funciones en la Jurisdicción Penal Militar, se consagró, entre las excepciones a esa regla, la forma en que se ocuparían los cargos de magistrados del Tribunal Superior Militar. Esta fue la conclusión a la que llegó el Consejo de Estado, luego de aclarar que la designación de estos magistrados se encomendó al Presidente de la República, quien para hacerlo debe recibir previamente del Comandante General de las Fuerzas Militares, de los comandantes de fuerza y del Director General de la Policía Nacional una lista de candidatos. Ellos cuentan con discrecionalidad y autonomía para elaborar la lista de candidatos elegibles, advirtió la corporación. De esta forma, el consejo negó la nulidad de un decreto que designó tales cargos, demandado, entre otras razones, por vulnerar el principio de confianza legítima (C.P. María Nohemí Hernández Pinzón).